„Private Schulen als Ersatz für öffentliche Schulen bedürfen der Genehmigung des Staates und unterstehen den Landesgesetzen“, so Art. 7 Abs. 4 des Grundgesetzes. Dieser Grundsatz bedeutet aber nicht, dass alle Landesgesetze auf private Schulen Anwendung finden.

Auch wenn die Schulen der Schulstiftung staatlich genehmigt und als Ersatzschulen anerkannt sind und daher die gleichen Bildungsabschlüsse vergeben können wie öffentliche Schulen, gelten an ihnen nicht dieselben gesetzlichen Vorgaben wie an öffentlichen Schulen. Um eigene Schulprofile entwickeln zu können, räumen die Landesgesetze selbst den privaten Schulen Freiräume ein (Niedersächsisches Schulgesetz § 141 und das Bremische Privatschulgesetz), damit diese sich in ihrer pädagogischen Arbeit von öffentlichen Schulen unterscheiden können; Grundschulen müssen sogar ein besonderes pädagogisches Profil aufweisen (Art. 7 Abs. 5 GG).

Zum Profil der Stiftungsschulen gehören die Einbindung aller an der Schule tätigen Menschen in Entscheidungsprozesse und die konstruktive Zusammenarbeit in der Schulgemeinschaft. Deshalb gelten an Stiftungsschulen eigene Regelungen zur Zusammensetzung und der Zuständigkeiten der Konferenzen, in denen Schülerinnen und Schülern, Eltern, Lehrerinnen und Lehrer und nichtlehrende Mitarbeitende an Entscheidungen mitwirken. Die Eröffnung von Möglichkeiten religiöser Bildung ist ein weiteres wesentliches Profilelement. 

Die Basis für die Profilentwicklung an den Stiftungsschulen bildet das Stiftungsschulgesetz (StiftSchG), das der Bischof von Osnabrück erlassen hat. Als Hilfe für die konkrete Arbeit mit dem StiftSchG dienen die praxisorientierten Erläuterungen.