Während für den Besuch öffentlicher Schulen – in der DDR seit der Gründung und in der BRD seit 1961 – in allen Bundesländern kein Schulgeld erhoben wird, ist dies an Schulen in freier Trägerschaft üblich. Wesentlicher Grund für die Erhebung von Schulgeld ist die unterschiedliche Finanzierung öffentlicher und freier Schulen durch die Bundesländer und kommunalen Schulträger. In der Regel ist die Unterstützung für freie Schulen geringer als die Aufwendungen der öffentlichen Hand für öffentliche Schulen in Trägerschaft von Gemeinden, Städten und Landkreisen. Weil aber die Träger freier Schulen nicht wesentlich andere Ausgaben haben (tarifgebundene Gehälter für lehrendes und nichtlehrendes Personal, Gebäude, Energie etc.), entsteht ihnen ein Defizit.

Schülerinnen und Schüler, die Schulen in freier Trägerschaft besuchen, besuchen nicht gleichzeitig eine öffentliche Schule. Freie Schulen entlasten daher öffentliche Schulträger. Gleichzeitig tragen die Eltern der Schülerinnen und Schüler, die freie Schulen besuchen, mit ihrem Steueraufkommen in gleicher Weise zum Einkommen der öffentlichen Haushalte bei wie die Eltern, deren Kinder öffentliche Schulen besuchen. Eine Unterstützung freier Schulen in gleicher Höhe wie für öffentliche Schulen wäre daher gerechtfertigt.

Falls freie Schulträger die entstehenden Defizite nicht durch eigene Mittel ausgleichen können, ziehen sie die Eltern zur Mitfinanzierung heran durch die Erhebung von Schulgeld – so auch die Schulstiftung. Weil aber die Bundesländer Bremen und Niedersachsen und Städte und Landkreise die Stiftungsschulen unterschiedlich finanziell bezuschussen, wird nicht an allen Schulen das gleiche Schulgeld erhoben.

In Bremen ist das Defizit am größten, weil das Bundesland freien Schulen deutlich geringere öffentliche Mittel zukommen lässt als das Bundesland Niedersachsen. Daher wird dort auch ein höheres verpflichtendes Schulgeld erhoben als an vergleichbaren Stiftungsschulen in Niedersachen.

In Niedersachen ist die Zuweisung von Mitteln des Landes unterschiedlich: Für Schulen, die zuvor öffentliche Schulen waren, erhält die Stiftung eine fast vollständige Erstattung der Kosten für die Lehrerinnen und Lehrer sowie einen Zuschuss für die Sachkosten. Neben dem Hildegard-von-Bingen-Gymnasium in Twistringen gilt das für alle Oberschulen der Stiftung. Auch die Städte und Landkreise bezuschussen diese Schulen. Daher wird an diesen Schulen kein Schulgeld erhoben. Die Zuwendungen des Landes sind an die Bedingungen gebunden: keine bessere Versorgung mit Lehrerstunden als im Landesdurchschnitt und – aus historischen Gründen an den Oberschulen – maximale Aufnahme von 30% nichtkatholischen Schülern, was die Stiftung angesichts der Weiterentwicklung der Ökumene heute nicht mehr für zeitgemäß hält.

Alle anderen Stiftungsschulen erhalten einen Zuschuss zu den Personalkosten, der diese nicht vollständig deckt. Weil diese Kosten nicht allein durch Kirchensteuermittel zu tragen sind, wird an den Gymnasien und Berufsbildenden Schulen der Stiftung verpflichtendes Schulgeld erhoben.

Auch die Zuschüsse der Landkreise und Städte sind unterschiedlich hoch. Damit nun nicht an einer Schule je nach Wohnort der Schülerinnen und Schüler unterschiedliches Schulgeld erhoben wird, werden diese Unterschiede von der Stiftung nicht auf das Schulgeld angerechnet, sondern intern ausgeglichen. Eine Zahlungspflicht besteht für die Kommunen durch Landesrecht nicht, sondern nur durch vertragliche Vereinbarungen mit der Stiftung, die die Kommunen schließen, um die Höchstgrenzen für die Schüleraufnahme zu vereinbaren und dadurch für die eigenen Schulen Planungssicherheit zu erhalten.

An der Drei-Religionen-Schule Johannisgrundschule wird kein Schulgeld erhoben, weil die Stadt Osnabrück diese Schule vergleichbar zu einer städtischen Grundschule finanziert, und zwar unter der Bedingung, dass kein Schulgeld erhoben wird.

Öffentliche Schulen und Stiftungsschulen bitten die Eltern um einen Zuschuss für Verbrauchsmaterial wie Kopien etc. Dabei handelt es sich nicht um Schulgeld.

Erst die Kombination von staatlichen Zuschüssen, Kirchensteuermitteln und Schulgeld ermöglicht der Schulstiftung, die Bildungslandschaft der Region mit 21 Stiftungsschulen zu bereichern. Das Schulgeld soll nie eine unüberwindliche Hürde für den Besuch einer Stiftungsschule werden; deshalb sind in der Schulgeldordnung der Stiftung Regelungen zur Ermäßigung bis zum Erlass getroffen.